Podsystem zarządzania danymi i komendami (Command and Data Handling Subsystem - C&DH) pozwala na obróbkę poleceń z Ziemi, zarządzanie danymi z instrumentów naukowych i danymi inżynieryjnymi, utrzymywanie czasu oraz wykonywanie funkcji autonomicznych pozwalających na automatyczne rozwiązywanie problemów lub wprowadzanie sondy w tryb bezpieczny. Składa się on z systemów elektronicznych zlokalizowanych w dwóch redundancyjnych zintegrowanych modułach elektroniki (Integrated Electronic Modules - IEMs). Obejmuje on płytę procesora C&DH; rejestrator jednoczęściowy (Solid - State Recorder - SSR); płytkę interfejsów z instrumentami; dekoder poleceń z Ziemi zlokalizowany na płycie obsługującej transmisje odbierane z Ziemi; oraz formater na płycie obsługującej transmisje wysyłane na Ziemię. Płyty w obrębie IEM są połączone za pomocą interfejsów PCI (Peripheral Component Interconnect). Jednostki RIO (Remote Input/Output) dostarczają pomiarów temperatur i woltaży potrzebnych do monitorowania stanu pojazdu. Komunikują się z C&DH za pomocą obwodów I2C (Inter-Integrated Circuit). Obie jednostki IEM są połączone interfejsami MIL-STD-1553. Ponadto w skład C&DH wchodzi oprogramowanie wykonywane przez jego procesor. Procesor w IEM 1 jest oznaczony jako C&DH 1, a w IEM 2 - C&DH 2. Podczas normalnego działania sekcja C&DH jednego z modułów IEM jest w pełni uruchomiona i stanowi jednostkę główną, natomiast analogiczna sekcja w drugim module IEM znajduje się w trybie oczekiwania. W czasie lotu z Jowisza na Plutona ten drugi element pozostaje wyłączony. System chroniący przed błędami odbiera z jednostki aktywnej sygnał informujący o jej prawidłowym działaniu. Jest on emitowany raz na sekundę. Jeśli impuls taki nie jest odbierany przez 180 sekund, automatycznie uruchamiany jest zapasowy układ C&DH, który przejmuje następnie rolę jednostki głównej.
Komendy z Ziemi są przetwarzane przez płytę obsługującą odebrane transmisje. Dekoder komend znajdujący się na tej płycie pozwala na odbiór i wykonanie części komend bez zaangażowania procesora C&DH. Komendy takie obejmują resety procesora C&DH, przełączanie pomiędzy obiema jednostkami IMU, oraz wszystkie polecenia przełączania zasilania. Płyta dla transmisji z Ziemi przekazuje też telemetrię z Ziemi do oprogramowania C&DH. Wyodrębnia ono komendy, które są przesyłane do inny podsystemów statku albo wykonywane przez sam procesor C&DH. Komendy te są wykonywane w czasie rzeczywistym lub przechowywane do późniejszego użycia. Te ostatnie są nazywane makrami komend. Mogą one być pojedynczymi instrukcjami dla konkretnych komponentów, albo też zawierać zestawy instrukcji. Każda jednostka C&DH posiada pamięć 0.75 mb do ich przechowywania. Ponadto C&DH może wykonywać instrukcje z makr w określonym czasie, gdy czas liczony od rozpoczęcia misji osiąga zapisaną w nich wartość lub ją przekracza. Metoda taka jest używana dla wszystkich działań na pokładzie, w tym obserwacji naukowych na Jowiszu i Plutonie. Pamięć pozwala na zapisanie 512 takich komend. Oprogramowanie C&DH wykonuje też czynności systemu pracy autonomicznej.
Utrzymywanie czasu na pokładzie, polegające na skorelowaniu czasu upływającego od rozpoczęcia misji (Mission Elapsed Time - MET) z czasem uniwersalnym UTC jest istotne dla nawigacji, kontroli orientacji przestrzennej oraz zbierania danych naukowych. Oscylator ultrastabilny (Ultra-Stable Oscillator - USO) stanowi źródło impulsu emitowanego raz na sekundę, będącego podstawą czasu pokładowego. Korelacja pomiędzy czasem pokładowym a czasem na Ziemi będzie lepsza od +/- 4 sekund w czasie przelotu koło Plutona.
Połączenie C&DH z instrumentami umożliwia płyta interfejsów. Pozwala ona na przesyłanie komend i wzorca czasu (MET) z IEM do instrumentów, odbieranie i formatowanie danych z instrumentów oraz danych nagłówkowych generowanych przez IEM, przesyłanie pokładowych znaczników czasu do instrumentów; oraz obróbkę i przesyłanie analogowych pomiarów woltaży (danych z RIO przesyłanych za pośrednictwem łącz I2C). Każdy z dwóch IEM posiada niezależne interfejsy, które natomiast łączą się z również podwojonymi systemami elektronicznymi instrumentów. Zapewnia to wysoki poziom niezawodności.
Rejestrator SSR charakteryzuje się pojemnością 64 gigabitów. Pamięć ta jest podzielona na 16 segmentów dopowiadających 16 fizycznym kością pamięci zainstalowanym na karcie SSR. Surowe dane z instrumentów mogą być przesyłane do pamięci z szybkością do 13 mbps. Po wypełnieniu jednego segmentu rejestrator przełącza się na zapisywanie danych w następnym segmencie. Następnie surowe dane są odczytywane, poddawane kompresji, formatowania do standardu CCSDS (Consultative Committee for Space Data Systems) i zapisywane ponownie w celu późniejszego przesłania na Ziemię. Kasowanie jest wykonywane w obrębie jednego segmentu, gdy wszystkie zawarte w nim dane zostaną przesłane na Ziemię albo odczytane, skompresowane i zapisane w innym segmencie. Po skasowaniu segment jest gotowy do zapisania nowych danych. Oprogramowanie C&DH zapewnia kilka mechanizmów kontrolujących transmisję i zapisywanie danych w obrębie rejestratora. W rejestratorze zastosowano podział danych na różne typy pozwalający na ich kontrolowanie. Łącznie istnieje 51 rodzajów danych, w tym surowe dane naukowe z instrumentów przesyłających je z wysoką szybkością, skompresowane dane naukowe, dane naukowe z instrumentów przesyłających je z niskimi szybkościami, oraz dane inżynieryjne. Każdy poziom kompresji definiuje inny typ danych. System zakładek realizowany przez programowanie C&DH pozwala na dostęp do danych związanych z konkretnymi działaniami na pokładzie. Zakładki są otwierane przy starcie danego działania i zamykane po jego zakończeniu. Uwzględniają też rodzaj danych. Są one substytutem używania MET do wyboru danych przeznaczonych do transmisji lub kompresji. Możliwe jest ustalenie priorytetów w transmisji poszczególnych rodzajów danych. Oprogramowanie pojazdu obsługuje zarówno kompresję stratną jak i bezstratną. Ponadto istnieje opcja odczytu surowych danych z SSR, formatowania ich do postaci pakietów CCSDS i ponownego zapisywania bez kompresji. Kompresja bezstratna może być połączona z uzyskiwaniem subklatek. Można wykonać sekwencję do 8 subklatek a następnie poddać je kompresji. Dla sensora LEISA instrumentu Ralph zastosowano specjalną metodę uzyskiwania subklatek, tzw Dark-Sky Editing. Każdy obraz z LEISA zawiera jeden wymiar przestrzenny (X) i jeden spektralny (Y). Obserwacje są wykonywane przy orientacji statku kosmicznego pozwalającej na obrót w ten sposób, że obraz obserwowanego obiektu przesuwa się w płaszczyźnie ogniskowej w tempie jednego piksela w wymiarze przestrzennym na klatkę. Dla każdej klatki wykonywana jest subklatka zestawu pikseli który z największym prawdopodobieństwem zawiera obraz obserwowanego obiektu i tylko ona jest zapisywana w SSR. Pojedyncza subklatka "spaceruje" w sekwencji obrazów z LEISA. Kierunek przesuwania z obrazu do obrazu i szybkość przesuwania pikseli pomiędzy obrazami mogą być zaprogramowane, podobnie jak wielkość subklatki.