Lądowanie trwało 7 godzin. O godzinie 08:35:52 UTC na sondzie (09:04:12 UTC na Ziemi) kamery CIVA uzyskały pierwsze zdjęcia orbitera po oddzieleniu (sekwencja FAREWELL1), a o 08:37:57 UTC na sondzie (09:06:17 UTC na Ziemi) - drugą sekwencję takich zdjęć (FAREWELL2). Lądownik został również sfotografowany przez system OSIRIS na orbiterze. O 08:43:57 UTC na sondzie (09:12:17 UTC na Ziemi) poczęła się procedura rozkładania wsporników lądownika oraz wysięgnika instrumentu ROMAP. W tym czasie odległość między orbiterem a lądownikiem wynosiła około 100 m. O 08:57:30 UTC na sondzie (09:25:50 UTC na Ziemi) lądownik rozpoczął obrót swojego korpusu o14 stopni w celu uzyskania orientacji przestrzennej stabilnej podczas lądowania. O godzinie 09:15:00 UTC na sondzie (09:43:20 UTC na Ziemi), 40 minut po oddzieleniu lądownika, w odległości około 20 km od jądra Rosetta wykonała manewr gwarantujący widzialność lądownika w momencie lądowania. O 09:18:57 UTC na sondzie (09:47:17 UTC na Ziemi) lądownik zakończył wszystkie procedury związane z oddzieleniem. W czasie opadania pojazd wykonał serię pomiarów naukowych. Dane z eksperymentu CONSERT pozwoliły na zrekonstruowanie trajektorii lądowania. Dostarczyły też informacji o polu grawitacyjnym jądra oraz o właściwościach powierzchni i warstwy podpowierzchniowej. ROMAP wykonał pomiary pola magnetycznego. SESAME przeprowadził pomiary środowiska plazmowego i pyłu. O 11:31:00 UTC na sondzie (11:59:20 UTC na Ziemi) orbiter rozpoczął transmisję danych zarejestrowanych we wcześniejszych etapach lądowania. O 11:51:40 UTC na sondzie (12:20:00 UTC na Ziemi) śledzenie zakończyła stacja DSN w Kamberrze. O 12:46:40 UTC na sondzie (13:15:00 UTC na Ziemi) śledzenie rozpoczęła stacja DSN w Madrycie. O 13:26:40 UTC na sondzie (13:55:00 na Ziemi) śledzenie rozpoczęła stacja ESA w Malargüe. O 13:58:40 UTC na sondzie (14:27:00 UTC na Ziemi) śledzenie zakończyła stacja ESA w New Norcia. O 14:30:37 UTC na sondzie (14:58:57 UTC na Ziemi) uruchomione zostały systemy harpunów lądownika. Ponadto ponownie włączone zostały kamery CIVA i ROLIS przed ostatnim etapem lądowania. Kamery CIVA rozpoczęły obrazowanie miejsca lądowania o godzinie 14:33:37 UTC na sondzie (15:01:57 UTC na Ziemi). W tym samym czasie miał zostać uruchomiony system aktywnego lądowania ADS, ale wcześniej zdecydowano o nie używaniu silnika. O 14:38:42 UTC na sondzie (15:07:02 UTC na Ziemi) obrazowanie miejsca lądowania rozpoczęła kamera ROLIS. O 14:48:55 UTC na sondzie (15:17:15 UTC na Ziemi) lądownik zakończył wszystkie procedury zaplanowane przed lądowaniem.
Philae dotarł na powierzchnię o godzinie 15:34:06 UTC, co zostało potwierdzone na Ziemi o 16:03 UTC (czas przewidywany przed lądowaniem - 16:02:20 UTC). Lądownik wylądował z szybkością ok. 1 m/s, pod kątem 90 stopni. Moment lądowania został zaobserwowany jako zwolnienie lądownika. Do jego wykucia posłużyły silniki rozkładające podpory lądownika, teraz działające jako prądnice. Uderzenie w powierzchnię powodowało przesunięcie podpór, przez co silniki wytwarzały prąd elektryczny przetwarzając energię kinetyczną występującą podczas uderzenia (następnie przekształcała się ona w energię cieplną usuwaną radiacyjne). Pojazd posiadał również dwa przyspieszeniomierze, jednak nie były one używane. Podczas testów w trakcie lotu kosmicznego zaobserwowano bowiem, że koło zamachowe produkuje wibracje które mogłyby wytworzyć fałszywy sygnał potwierdzający lądowanie. Lądowanie nie przebiegło jednak zgodnie z planem. Odskoczeniu od powierzchni w słabym polu grawitacyjnym miało zapobiec uruchomienie silnika ADS, co zostało jednaka anulowane. W związku z tym odskoczeniu miała zapobiec absorpcja większości energii kinetycznej poprzez wsporniki lądownika. Ponadto natychmiast po wylądowaniu w glebę miały zostać wwiercone wkręty na końcach wsporników oraz wystrzelone dwa harpuny. Harpuny jednak nie zadziałały - nie zostały wystrzelone, chociaż uruchomiły się szpule zwijające ich linki. Tak więc lądownik odskoczył od powierzchni i wykonał przelot nad powierzchnią jądra, trwający 1 godzinę i 50 minut. Wysokość odbiła mogła wynosić nawet 500 m. Pojazd poruszał się z szybkością 38 cm/s i przebył dystans około 1 km. W chwili pierwszego stwierdzenia lądowania wyłączone zostało koło zamachowe. Jednak jego bezwładność spowodowała, że lądownik powoli obracał się wokół osi Z przelatując nad powierzchnią. Ruch i rotacja lądownika zostały zaobserwowane w danych telemetrycznych, jednak na początku ich przyczyny nie były znane. Zaobserwowano okresowe wahania w intensywności pola magnetycznego mierzonego przez ROMAP, temperaturze mierzonej przez MUPUS oraz produkcji energii elektrycznej przez panele słoneczne. Sygnał odbierany przez Rosettę był na początku przerywany. Ustabilizował się o godzinie 17:32 UTC na sondzie (18:00 UTC na Ziemi). Po wykryciu lądowania Philae automatycznie rozpoczął wykonywanie pierwszych obserwacji i pomiarów naukowych, które były zaplanowane na powierzchni. W ich ramach system CIVA uzyskał zdjęcia które miały złożyć się pełną panoramę otoczenia. Sekwencja uzyskiwania zdjęć rozpoczęła się o 15:38:52 UTC na sondzie (16:07:12 UTC na Ziemi). W związku z unoszeniem się nad powierzchnią jądra zdjęcia pokazywały tylko pustą przestrzeń i szum. O 15:38:54 UTC na sondzie (16:07:14 UTC na Ziemi) instrumenty COSAC i MODULUS Ptolemy wykonały pomiary składu gazów. Pakiet MUPUS miał też uzyskać pomiary spowolnienia harpunów w czasie wbijania go w powierzchnię, co miało dostarczyć danych na temat właściwości powierzchni i warstwy podpowierzchniowej. Z powodu awarii systemu harpunów pomiary z tych sensorów nie były przydatne. ROLIS miał dostarczyć obrazy powierzchni w bezpośredniej bliskości lądownika. Zdjęcia te jednak również pokazywały tylko szum. ROMAP wykonał pomiary pola magnetycznego a SESAME - pomiary właściwości plazmy i pyłu w otoczeniu. O 16:11:19 UTC na sondzie (16:39:39 UTC na Ziemi) lądownik zakończył wszystkie procedury SDL, jednak nadal znajdował się nad powierzchnią. O 17:20:47 UTC na sondzie (17:49:07 UTC na Ziemi) rozpoczął się blok 1 pierwszej właściwej sekwencji pomiarów naukowych planowanych podczas działań na powierzchni (First Science Sequence - FSS), trwający 7 godzin. Lądownik ponownie trafił na powierzchnię o godzinie 17:25 UTC na sondzie (17:53 na Ziemi), jednak ponownie się odbił. Wykonał już tylko krótki przeskok z początkową szybkością 0.03 m/s i o 17:32 UTC na sondzie (18:00 na Ziemi) osiadł na powierzchni ostatni raz. Tymczasem o17:31 UTC na sondzie (17:59 UTC na Ziemi) orbiter stracił łączność z lądownikiem, około godziny wcześniej niż to było planowane. Wynikało to z innego, nieznanego jeszcze miejsca lądowania. O 19:00:00 UTC na Ziemi śledzenie orbitera zakończyła stacja DSN w Madrycie.
Odbiór danych z Philae został wznowiony 13 listopada o godzinie 05:33 UTC na sondzie (06:01 UTC na Ziemi). Początkowo łączność była niestabilna, jednak po zwiększenia się wysokości orbitera nad powierzchnią stał się bardzo stabilny. W związku z brakiem zakotwiczenia lądownika wprowadzono modyfikacje do pierwszej sekwencji naukowej. Zaniechano używania instrumentów wywołujących ruch - APXS, MUPUS/PEN oraz SD2. Ich użycie mogłoby spowodować przesunięcie lub kolejne odbicie lądownika. Lądownik wykonywał pomiary za pomocą instrumentów MUPUS, SESAME i ROMAP. Badał również skład gazów kometarnych za pomocą COSAC i MODULUS Ptolemy. Ta sekwencja trwała około 8 godzin. Miejsce lądowania zostawało nieznane, ale analiza zdjęć z CIVA oraz z sensorów inżynieryjnych wykazała, że lądownik znajduje się w dużym przechyleniu, prawdopodobnie pod stromą ścianą. Jedna z jego podpór nie dotykała podłoża. Jeden z paneli słonecznych lądownika był oświetlony tylko przez okres 1 godziny i 20 minut przez okres rotacji jądra (12.4 godziny) a dwa pozostałe - przez 20 - 30 minut. W związku z tym bateria dodatkowa nie ładowała się wydajnie. Z tego też powodu żywotność misji uległa ograniczeniu do około 65 godzin, w którym których lądownik działał dzięki zasilaniu z baterii głównej. Tym samym możliwe było wykonanie tylko podstawowego programu naukowego. Faza operacji długoterminowych nie była możliwa. Poza tym wszystkie systemy i instrumenty naukowe lądownika działały prawidłowo i znajdowały się w doskonałym stanie. Prawidłowo pracowała bateria główna oraz rejestrator danych. Okno komunikacyjne zakończyło się o 09:22 UTC na sondzie (09:58 UTC na Ziemi). Podczas komunikacji nie napotkano na żadne trudności. Kolejne okno otworzyło się o 19:27 UTC na sondzie (19:55 UTC na Ziemi) i trwało do 23:47 UTC na sondzie (00:15 UTC 14 listopada na Ziemi). Szybkość łączności wynosiła 28 kbps, z czego dane inżynieryjne wykorzystywały tylko 1 - 2 kbps a reszta służyła przesyłu danych z lądownika oraz danych naukowych z instrumentów orbitera. Po analizie dostępnych informacji na temat położenia lądownika i jego stabilności podjęto decyzję o uruchomieniu instrumentów APXS i MUPUS/PEN.
14 listopada był ostatnim dniem prac na powierzchni. Pozostała pojemność baterii głównej wynosiła 100 W/h, co wystarczało do zakończenia pierwszej sekwencji naukowej. Kolejne okno komunikacyjne rozpoczęło się o 21:19 UTC na Ziemi (10:51 UTC na sondzie) Zgodnie z wcześniejszymi ustaleniami lądownik rozłożył system PEN pakietu MUPUS. Penetrator wbił się jednak tylko na kilka milimetrów pomimo użycia wszystkich trzech sił wbijania oraz tryby ostatecznego, powodującego uszkodzenie mechanizmu młotkowego. Sugerowało to, że powierzchnia jest bardzo twarda. Ponadto Philae opuścił głowicę instrument APXS i rozpoczął wykonywanie pomiarów składu pierwiastkowego podłoża. Prowadzono też pomiary za pomocą SESAME oraz badania gazów kometarnych za pomocą COSAC i MODULUS Ptolemy. Wykonano też sesję pomiarów triangulacyjnych za pomocą CONSERT. Druga sesja wykonywania zdjęć za pomocą CIVA (z optymalnym czasem ekspozycji) przebiegła niestety w okresie ciemności. Po uzyskaniu wszystkich planowanych danych podjęto decyzję o użyciu systemu wiercącego SD2 w celu uzyskania próbki podłoża i dostarczenia jej do instrumentu COSAC. Zdecydowano się na użycie COSAC zamiast MODLUS Ptolemy ponieważ instrument ten był mniej energiochłonny. Uzyskiwał natomiast pomiary podobne do MODLUS Ptolemy. Analog tego ostatniego - MODLUS Berenique znajdował się na orbiterze. W związku z tym wyłączono instrumenty MUPUS i APXS. SD2 bez problemów wykonał procedurę wiercenia - wiertło zostało wysunięte, wykonało obroty, cofnęło się, wykonało zrzut materiału na piekarnik COSAC na karuzeli, a następnie piekarnik został dostarczony do COSAC poprzez obrót koła karuzeli. COSAC rozpoczął następnie cykl pomiarów. Po zakończeniu wiercenia okno komunikacyjne zamknęło się. Łączność została wznowiona o 22:01 UTC na sondzie (22:29 UTC na Ziemi). Podobnie jak podczas wcześniejszych sesji sygnał został początkowo utracony, ale później uzyskano łączność stabilną. Po wznowieniu łączności lądownik bez problemów wysłał zgromadzone dane. Następnie wykonano obrót korpusu lądownika o 35 stopni jego uniesienie o 4 cm tak, aby na światło słoneczne wystawić największy panel słoneczny (panel nr 1). Stwarzało to pewne szanse na wznowienie pracy przez lądownik w przyszłości. Po obrocie ROLIS wykonał zdjęcie powierzchni. Inne instrumenty również kontynuowały pomiary - MODULUS Ptolemy wykonał pomiary składu gazów, a CONSERT - ostatnią sesję triangulacyjną. Potem zgodnie z oczekiwania bateria główna wyczerpała się. Po spadku woltażu do 21.5 V o godzinie 00:02 UTC na sondzie, już 15 listopada (00:30 UTC na Ziemi) lądownik przeszedł w tryb oczekiwania z wyłączonymi instrumentami naukowymi. Następnie o godzinie 00:08 UTC na sondzie (00:36 UTC na Ziemi) zakończył transmisję. Tym samym misja Philae została zakończona. Koniec operacji był obserwowany na bieżąco podczas okna komunikacyjnego z orbiterem.
Pomimo nieprawidłowości podczas lądowania misja Philae zakończyła się pełnym sukcesem. Lądownik zebrał około 90% danych planowanych na jego misję nominalną prowadzoną na zasilaniu bateryjnym. Danych nie dostarczyły przyspieszeniomierze MUPUS w harpunach oraz jeden z sensorów SESAME znajdujący się w podporze lądownika nie stykającej się z podłożem. Ponadto nie wykonano analizy próbki podłoża za pomocą MODULUS Ptolemy. Wszystkie inne czynności zaplanowane na pierwszą sekwencję naukową zostały przeprowadzone bez komplikacji. W przypadku lądowania w miejscu nominalnym i uzyskiwania odpowiedniej ilości światła słonecznego możliwe byłyby prace trwające wiele miesięcy. Dzięki nim lądownik mógłby zaobserwować wzrost aktywności kometarnej związanej ze zbliżaniem się jądra do Słońca. Misja zakończyłaby się wtedy w marcu 2015 r. W tym czasie kometa znalazłaby się na tyle blisko Słońca, że temperatura we wnętrzu lądownika stałaby się za wysoka dla jego systemów elektronicznych.
Dane z lądownika po jego uwolnieniu były odbierane przez orbiter, skąd były przekazywane na Ziemię. Na tym etapie orbiter wykonał 3 manewry, gwarantujące, że lądownik był widoczny z jego pokładu. Pierwszy manewr odbył się już 12 listopada, 2 godziny po oddzieleniu lądownika. Drugi miał miejsce 14 listopada, a trzeci - 16 listopada. 19 listopada. 30 listopada sonda wykonała manewr przejścia na orbitę na wysokości 30 km. 3 grudnia wykona manewr rozpoczynający przejście na orbitę na wysokości 20 km. 6 grudnia orbita ta zostanie ukołowiona. Na niej prowadzone będą dalsze systematyczne badania komety. Sonda wykona również serię bliskich przelotów nad powierzchnią jądra.