Sonda dotarła do Marsa 22 września 2014 r, po przebyciu odległości 711 mln km. Wtedy też wykonany został manewr wejścia na orbitę okołomarsjańską (Mars Orbit Insertion Maneuver - MOI). Przebiegał on automatycznie, na podstawie komend wysłanych wcześniej z Ziemi. Pierwszą czynnością było zabglokowanie systemu chroniącego przed błędami, zwiększenie ciśnienia w systemie napędowym i nagrzanie paliwa do operacyjnej temperatury 25 - 26C. Czynności te rozpoczęły się o 00:50 UTC. O 01:15 UTC system komunikacyjny został rekonfigurowany tak, że używał anten niskiego zysku. Następnie o 01:30 UTC rozpoczęty został manewr zmiany orientacji przestrzennej pozwalający na odpowiednie ustawienie silników. W związku z tym antena HGA została odwrócona od Ziemi. Ograniczona łączność była możliwa dzięki anteną małego zysku. Manewr obrotu zakończył się o 01:40 UTC. Następnie o godzinie 01:37 UTC uruchomione zostały silniki główne MR-107N, które zmniejszyły szybkość sondy względem planety na tyle, że została ona przechwycona przez jej pole grawitacyjne. Manewr trwał 34 minuty i 26 sekund (planowano 33 minuty), zakończył się o 02:10 UTC. Zmiana szybkości wyniosła 1230 m/s (planowano 1233 m/s). Za kontrolę orientacji przestrzennej będą odpowiadały silniki MR-106E. Układ napędowy pracował w trybie regulacji ciągu. W czasie manewru sonda będzie przelatywała nad północną półkulą planety. Manewr był plastyczny. W przypadku awaryjnego wyłączenia silników głównych będzie możliwe automatyczne wznowienia ich pracy. Po wznowieniu pracy silniki działałyby automatycznie tak długo aż problem zostałby skompensowany. Taka sytuacja spowodowałaby jednak zwiększenie zużycia paliwa. Nie było jednak takiej konieczności. Po 3 minutach od wyłączenia silników komputer pokładowy wprowadzi orbiter w normalny tryb pracy. Sonda wykonała następnie manewr zmiany orientacji przestrzennej. Obrót ten rozpoczął się o godzinie 02:36 UTC i zakończył o 02:46 UTC. Rekonfiguracja systemu komunikacyjnego na antenę HGA w ceku nawiązania szerokopasmowej łączność z Ziemią rozpoczęła się o 03:00 UTC. Weryfikacja prawdiłości manewru MOI została zakończona o 04:00 UTC, a weryfikacja parametrów orbity - o 05:30 UTC. Cała procedura przebiegła perfekcyjnie.
Orbita początkowa (Capture Orbit) była silnie eliptyczna. Charakteryzowała się perycentrum na wysokości 380 km, apogeum 44600, okresem obiegu około 35 godzin i inklinacją 75 stopni. Następnie wykonana zostanie seria manewrów redukujących wysokość perycentrum (Periapsis Lowering Maneuver - PLM) i okres obiegu (Period Reduction Maneuvers - PRM). Manewr PLM-1 został wykonany 24 września. Polegał na uruchomieniu silników w apocentrum orbity celem znacznego obniżenia perycentrum. Dzięki temu sonda przeszła na orbitę o okresie obiegu 4.5 godziny. 25 września wykonano manewr PRM-1. Odbył się on w perycentrum orbity, co pozwoliło na obniżenie apocentrum.
2 października wykonany został manewr PRM-2. 5 października wykonany został manewr PLM-2. 6 października wykonano testy instrumentów do badań plazmy. Zebrane zostały też dane przydatne do estymacji czasu przejścia przez perycentrum orbity. 7 października wykonane zostały testy instrumentu NGIMS przed otwarciem jego pokrycia ochronnego. 9 października wykonano manewr PRM-3. Jego parametry zostały dobrane tak, że pozwolił on na osiągnięcie orbity na której sonda znajdowała się po przeciwnej stronie Marsa w stosunku do komety C/2013 A1 Siding Spring przelatującej w odległości tylko 134 000 km dnia 19 października o godzinie 18:32 UTC. Tym samym orbiter nie był narażony na zderzenia z pyłem kometarnym w okresie występowania jego największego zagęszczenia w okolicach Marsa, chociaż zagrożenie jest niewielkie. Również 9 października rozłożono wysięgniki komponentu LPW instrumentu LPW/EUV. 11 października rozłożono wysięgnik platformy APP oraz wysięgnik instrumentu SWEA. 13 października przeprowadzona została kalibracja platformy APP oraz testy instrumentu IUVS. 14 października odbyła się druga sesja testów orbitalnych NGIMS oraz otwarcie jego pokrycia ochronnego.
16 października rozpoczęły się pomiary naukowe związane z przelotem komety Siding Spring. Instrument IUVS przeprowadził jej obserwacje w zakresie ultrafioletu. Zobrazował komę i pozwoli na zmierzenie stosunku deuteru do protu. 18 października, na 1 dzień przed spotkaniem z kometą MAVEN wykonał obserwacje właściwości atmosfery i otoczenia plazmowego pracując w normalnym trybunie naukowym. Dostarczyły one informacji na temat zmian w temperaturze, cyrkulacji, gęstości i składu atmosfery oraz zmian zachodzących w szczątkowej magnetosferze. 19 października, w dniu przelotu komety, podczas obiegu poprzedzającego największe zbliżenie orbiter został częściowo dezaktywowany. Wyłączone zostały jego instrumenty wymagające wysokiego napięcia. Dane naukowe były jednak zbierane przez urządzenia MAG, LPW-EUV (komponent LPW) oraz SEP. 20 października, w czasie obiegu następującego po okresie występowania największej gęsiości pyłu kometarnego w okolicach Marsa MAVEN wrócił do normalnego trybu naukowego. Praca w tym trybie trwała przez dalsze 2 dni. 22 października sonda wznowiła normalne testy instrumentów naukowych. Przeszła też testy inżynieryjne weryfikujące jej działanie po spotkaniu z kometą. Nie napotkano żadnych problemów.
23 października wykonany został manewr PLM-3. 24 października odbyły się testy komponentu EUV instrumentu LPW-EUV. Ponadto wykonane zostły testy pracy LPW w różnych trybach oraz synchronizacja tego instrumentu. 28 października odbyły się testy instrumentów MAG i SEP. 29 października wykonane zostały testy systemu ELECTRA. 30 października wykonany został manewr PLM-4. 31 października powtórzono kalibrację platformy APP oraz testy instrumentu IUVS.
3 listopada wykonane zostały testy LPW, a 4 listopada - testowy obrót sondy podczas pomiarów za pomocą MAG. 5 listopada przeprowadzona została trzecia sesja testów orbitalnych instrumentu NGIMS. 6 listopada przeprowadzono testy inżynieryjne sondy oraz testowa wymiana danych z łazikiem MSL za pomocą systemu ELECTRA. Sonda odebrała zdjęcia z kamery nawigacyjnej łazika uzyskane 23 października. 7 listopada wykonany został pierwszy manewr porządkujący orbitę (Orbit Trim Maneuver 0 - OTM-0). Tym samym sonda znalazła się na właściwej orbicie roboczej.
W okresie testów instrumentów naukowych i modyfikacji orbity wykonano serię obserwacji przydatnych naukowo. Podczas przelotu komety Siding Spring instrument IUVS dostarczył spektrogramów pokazujących intensywną emisją magnezu i żelaza po minięciu Marsa. NGIMS wykonał pomiary składu pyłu kometarnego w atmosferze Marsa. po raz pierwszy w historii uzyskano takie dane. Poza badaniami związanymi z kometą SEP dostarczył pomiarów rozbłysków słonecznych. IUVS pozwolił na opracowanie mapy zawartości ozonu w dolej części atmosfery.
8 listopada rozpoczął się właściwy program naukowy.
19 listopada sonda weszła w tryb bezpieczny, po raz pierwszy w trakcie trwania misji. Było to spowodowane konfliktem między komendami, które miały być wykonane w tym samym czasie. 22 listopada sonda została wyprowadzono ze stanu bezpiecznego. Praca jej systemów była następnie monitorowana przez okres 2 dni. Następnie 28 listopada ponownie uruchomiono instrumenty naukowe i przystąpiono do wykonywania normalnych pomiarów naukowych.