System kontroli orientacji przestrzennej (Attitude and Translation Control System - ATC) pozwalał na bardzo precyzyjną kontrolę pozycji satelity. Gravity Probe B był pierwszym statkiem kosmicznym który wymagał aż 6 stopni swobody w aktywnej kontroli orientacji w celu usunięcia wleczenia w czasie 17 miesięcy trwania misji nominalnej. 3 stopnie swobodny dotyczyły tempa obrotów (kołysania, pochylania i obrotu) a trzy pozostałe ruchów góra - dół, przód - tył i na boki. Dzięki temu możliwe były usunięcie wleczenia - na ruch elementów eksperymentu (rotorów żyroskopów) wpływ miała tylko grawitacja. Na wysokości 642 km zawsze występowało niewielkie wleczenie spowodowane tarciem szczątkowej atmosfery, ciśnieniem promieniowania słoneczne i innymi niewielkimi siłami. Można było je usunąć umieszczając jedne obiekt stanowiący w praktyce niezależnego satelitę w obiekcie drugim. W przypadku Gravity Probe B takimi "satelitami w satelicie", czyli masami próbnymi były cztery rotory żyroskopów eksperymentu. Natomiast orientacja przestrzenna "satelity zewnętrznego", czyli całego statku kosmicznego była bardzo precyzyjnie kontrolowana za pomocą odpowiednich silników na podstawie danych z sensorów nawigacyjnych. Tak więc "zewnętrzny satelita" gonił masy próbne i dostosowywał swoją orientacje tak, aby być na nie centrowanym. Dla powodzenia misji miało to kluczowe znaczenie, ponieważ wleczenie mogło wywołać przyspieszenia maskujące precesję wywołaną przez efekt geodezyjny oraz efekt Lensea-Thirringa.
W skład instrumentów nawigacyjnych ATC wchodziły: żyroskopy nawigacyjne, system GPS, magnetometry i szperacze gwiazd. Używał on też danych na temat pozycji satelity z teleskopu eksperymentu naukowego oraz danych na temat pozycji jednego z żyroskopów pomiarowych, stanowiącego w tym wypadku masę próbną. Oprogramowanie Używało danych z tych sensorów (pozycji, przyspieszeń, orientacji przestrzennej i tempa rotacji) do kontroli orientacji pojazdu za pomocą urządzeń wykonawczych. Wybór sensorów nawigacyjnych zależał od aktualnej konfiguracji ACS. Istniało 6 takich konfiguracji, z których najczęściej używano dwóch. Urządzeniami wykonawczymi były mikrosilniki proporcjonalne oraz pręty magnetyczne (Magnetic Torquing System - MTS). Ponadto uzupełnieniem był system korygujący masę (Mass Trim Mechanism - MTM). W czasie fazy naukowej misji pozycja pojazdu była scentrowana na jednym z żyroskopów kompleksu naukowego. Ponadto w czasie rozpędzania rotorów żyroskopów naukowych i w fazie pomiarów pojazd musiał być precyzyjnie zorientowany na gwiazdę odniesienia.
Satelita był wyposażony w cztery standardowe żyroskopy nawigacyjne, podobne do stosowanych na innych satelitach i niezależne od żyroskopów używanych do pomiarów naukowych. Dwa z nich działaby jednocześnie i pozwalały na określanie orientacjęiprzestrzennej w osiach X i Y. Zostały uruchomione po starcie. Dwa pozostałe zostały uruchomione na początku naukowej fazy misji. Dostarczały informacji na temat obrotów statku używanych do precyzyjnej kalibracji danych naukowych.
System GPS obejmował 4 anteny - dwie zlokalizowane na przednim końcu satelity i dwie na tylnym. Dostarczał on danych na temat pozycji statku około 100 razy dokładniejszych od dostarczanych przez standardowe odbiorniki GPS używane na powierzchni Ziemi. Pozycja pojazdu była określana z dokładnością na poziomie centymetrów. Było to możliwe, ponieważ sygnał z satelitów GPS nie przechodził przez dolną atmosferę.
Orientację względem gwiazd umożliwiały dwa szperacze gwiazd, z których jeden był zapasowy. Ich pola widzenia charakteryzowały się szerokością 8 stopni. Pozwalały na zidentyfikowanie gwiazdy odniesienia w początkowej fazie misji. Za pomocą teleskopu nie byłoby to możliwe, ponieważ jego pole widzenia było bardzo wąskie. Po zorientowaniu statku na gwiazdę z dokładnością 60 milisekund kątowych funkcję tą przejął teleskop.
Magnetometry pozwalały na określanie orientacji przestrzennej satelity względem pola magnetycznego Ziemi. Zastosowano 2 magnetometry, z czego jeden był zapasowy. Mierzyły one pole magnetyczne w trzech osiach.