Pozyskane próbki zostały umieszczone w kwarcowych pojemnikach. Po podstawowej charakteryzacji były badane w kilku laboratoriach w Japonii. Początkowe analizy były wykonywane przez zespół składający się z naukowców z Japonii, USA i Australii reprezentujących różne uniwersytety i organizacje badawcze. Analizy te trwały ponad rok. W ich trakcie został określony skład chemiczny i mineralogiczny próbek. Następnie rozpoczęły się analizy szczegółowe w trakcie których niewielkie ilości zebranego materiału były rozsyłane do zainteresowanych instytucji. Większość próbek jest przechowywana w należącym to JAXA ośrodku magazynowania próbek planetarnych (Planetary Material Sample Curation Facility - PMSCF) w Sagamihara.
Pomimo licznych problemów misja zakończyła się pełnym sukcesem naukowym i inżynieryjnym. W czasie badań planetoidy kamera ONC-T uzyskała ponad 1 500 obrazów o znaczeniu naukowym (około 1 Gb danych) co pozwoliło na opracowanie globalnych ma i modeli kształtu planetoidy. LIDAR dostarczył 1 670 000 użytych w modelowaniu topograficznym. Spektrometr XRS dostarczył 6 000 spektrogramów powierzchni (około 700 godzin pomiarów) pozwalających na określenie składu pierwiastkowego materiału powierzchniowego. Instrument NIRS dostarczył ponad 80 000 spektrogramów umożliwiających badania składu mineralnego planetoidy. Już pierwsze wysokorozdzielcze obrazy planetoidy Itokawa uzyskane przez sondę pokazały kontrast pomiędzy regonami pokrytymi dużymi głazami, oraz rejonami gładkimi. Gładkie obszary są pokryte grubą warstwą drobnego i luźnego materiału. Okryto także obszary pozbawione regolitu, co odróżnia ten obiekt od wcześniej badanych planetoid, których cała powierzchnia była pokryta grubą warstwą pyłu. Było to spore zaskoczenie, ponieważ na tak małym ciele niebieskim nie spodziewano się regolitu. Zakładano także jednorodną budowę geologiczną. Dzięki danym uzyskanym przez sondę opracowano modele kształtu planetoidy, oraz rozkładu masy w jej wnętrzu. Rozmiary planetoidy zostały oszacowane na 607 x 287 x 264 m. Dzięki danym z kamer ONC-T, wysokościomierza LIDAR, oraz pomiarom przesunięć dopplerowskich w sygnale sondy w ramach eksperymentu RS określono masę planetoidy, oraz jej gęstość. Gęstość oszacowano na 2.3 +/-0.3 centymetry sześcienne, co jest wartością dużo niższą od gęstości skał ziemskich, i innych planetoid typu S. Oznacza to, że planetoida jest w dużym stopniu porowata. Planetoida może więc składać się ze spojonych odłamków skalnych. Największy głaz na powierzchni, nazwany "Yoshinodai" ma szerokość około 50 metrów. Jest na tyle duży, że nie mógł powstać podczas zderzenia które wytworzyło największe zagłębienie interpretowane jako krater. W związku z tym uważa się, iż Itokawa powstała podczas rozbicia większego obiektu. Powstałe odłamki następnie skupiły się. Planetoida była potem wielokrotnie niszczona przez meteoryty. Spowodowało to segregację wielkości tworzących ją odłamków. Mniejsze skały znalazły się w niższych fragmentach planetoidy. Kształt i wielkości skał były bardzo podobne do wartości uzyskanych podczas laboratoryjnych eksperymentów symulujących proces niszczenia powierzchni przez meteoryty. Na powierzchni planetoidy znaleziono serię kandydatów na kratery. Na podstawie ich liczby oceniono, że wiek powierzchni zawiera się pomiędzy kilkoma a kilkuset milionami lat. Meteorytami najbardziej podobnymi do skał tworzących powierzchnię okazały się chondryty. Obserwacje fotometryczne planetoidy wykazały różnice w jasności różnych fragmentów powierzchni. Części jaśniejsze są prawdopodobnie obszarami odsłoniętymi niezbyt dawno. Powierzchnia w częściach ciemniejszych została natomiast zdegradowana przez promieniowanie słoneczne i mikrometeroidy.