Dnia 6 października 2008 roku sonda wykonała drugi przelot koło Merkurego. Największe zbliżenie - na odległość 199.4 kilometrów od powierzchni nastąpiło o godzinie 09:40:21 UTC. Przelot spowodował zmianę szybkości na poziomie 2.46 km/s. Szybkość sondy względem Słońca po przelocie wynosiła 43.7 km/s (względem Merkurego - 6.6 km/s). Przelot pozwolił na zredukowanie szybkości sondy względem Merkurego, ułatwiające wykonanie manewru wejścia na orbitę.
Podczas przelotu wykonano znaczna ilość obserwacji naukowych. System MDIS wykonał serię zdjęć o wysokiej rozdzielczość oraz uzyskał obrazy multispektralne. Objęły one około 30% powierzchni która nigdy nie była fotografowana przez statek kosmiczny. Nowo fotografowany obszar znajdował się po przeciwległej stronie planety niż ten obserwowany podczas przelotu pierwszego. Uzyskano ponad 1200 obrazów powierzchni. Podczas przelotu MLA wykonał też pomiary topografii. Przelot ten pozwolił po raz pierwszy skorygować pomiary topograficzne ze zdjęciami o wysokiej rozdzielczości. Pomiary MLA wykonane podczas przelotu pierwszego obejmowały teren który wcześniej nie był obrazowany. Pomiary wykonane podczas przelotu drógiego obejmowały teren częściowo sfotografowany podczas przelotu pierwszego. Ponadto obszary zbadane przez MLA podczas przelotu pierwszego zostały sfotografowane przed MDIS podczas przelotu drugiego. W ten sposób przelot drógi pozwolił na pierwsze porównanie danych topograficznych z wyglądem powierzchni.
Drugi przelot charakteryzował się trajektorią z największym zbliżeniem na przeciwnej stronie Merkurego niż przelot pierwszy. Geometria taka dostarczyła doskonałej próbki pola magnetycznego, na półkuli południowej blisko równika, uzupełniającej pomiary wykonane podczas przelotu pierwszego. Pozwoliło to na pierwsze badania struktury pola magnetycznego na półkuli południowej. Komponenty FIPS i EPS systemu EPPS pozwoliły na rejestrowanie cząstek energetycznych w magnetosferze. Pozwoliły na pierwsze scharakteryzowanie jednocześnie jonów i przyspieszonych elektronów w otoczeniu Merkurego (Mariner 10 badał tylko elektrony). Podczas przelotu pierwszego EPPS/FIPS zarejestrował duże bogactwo jonów o niskich energiach. Drugi przelot pozwolił na zidentyfikowanie stałych i dynamicznych cech och populacji.
Spektrometr MASCS wykonał pomiary cienkiej egzosfery Merkurego o wysokiej rozdzielczości spektralnej i przestrzennej. Na około 9 godzin przed największym zbliżeniem instrument ten rozpoczął mapowanie składu ogona egzosfery rozciągającego się za stroną Merkurego odwróconą od Słońca. Pomiary objęły dwa razy dłuższy odcinek ogona niż podczas przelotu pierwszego. Obserwacje były też tak zaplanowane, aby uzyskać maksymalną wrażliwość na pierwiastki trudne do zaobserwowania z Ziemi czy nawet z kosmosu z powodu sygnatury w ultrafiolecie słabej w stosunku do silnego sygnału Na.
Podczas przelotu zebrano też pewne informacje o składzie powierzchni, ale mapowanie składu było głównym celem misji orbitalnej. W tym celu zastosowano instrumenty MASCS/VIRS, GRNS/GRS, GRNS/NS i XRS. Pomiary o wysokiej rozdzielczości spektralnej uzyskane przez MASCS/VIRS obejmowały obszary sfotografowane multispektralnie przez MDIS. Dostarczyło to uzupełniające spektralne informacje o powierzchni z bezprecedensową szczegółowością. Ponadto przelot ten pozwolił na porównanie dwóch półkul Merkurego (półkuli obserwowanej podczas przelotu pierwszego i półkuli obserwowanej podczas przelotu drugiego) pod kątem stopnia jednorodności spektralnej.
Sekwencje obserwacji wykonanych podczas przelotu wyglądały następująco. 3 października o godzinie 03:30 UTC (77 godzin i 10 minut do przelotu) uzyskano pierwszy obraz nawigacyjny. O godzinie 17:00 UTC (64 godzin i 40 minut do przelotu) uzyskano drugi obraz nawigacyjny. O godzinie 21:45 UTC (59 godzin i 55 minut do przelotu) stacje DSN rozpoczęły ciągłe śledzenie sygnału sondy. 4 października uzyskano trzeci obraz nawigacyjny (godz. 05:00 UTC, 52: godziny i 40 minut do przelotu), czwarty (godz. 13:00 UTC, 44 godzin i 40 minut do przelotu) i piąty (godz. 21:00 UTC, 36 godzin i 40 minut do przelotu). 5 października uzyskano szóstą serię obrazów nawigacyjnych (godz. 05:00 UTC, 28 godzin i 40 minut do przelotu), serię siódmą (godz. 13:00 UTC, 20 godzin i 40 minut do przelotu), oraz ósmą (godz 19:00 UTC, 14 godzin i 40 minut do przelotu). O godzinie 23:03 UTC (10 godzin i 37 minut do przelotu) sonda wykonała obrót w celu rozpoczęcia obrazowania Merkurego za pomocą MDIS do celów naukowych. Antena HGA została odwrócona od Ziemi i na Ziemi odbierano tylko sygnał radiolatarni. O godzinie 22:45 UTC (9 godzin i 55 minut do przelotu) MASCS rozpoczął 9-godzinny skan ogona magnetosfery. W tym czasie kontynuowane było obrazowanie. 6 października o godzinie 05:10 UTC (04 godziny i 30 minut do przelotu) MDIS wykonał serię 84 zdjęć w celu monitorowania rozproszonego światła. O godzinie 08:11 UTC (1 godzina i 29 minut do przelotu) MDIS/WAC uzyskał pierwszy barwny obraz Merkurego. Zdjęcie zostało wykonane z odległości 27 000 kilometrów. Merkury miał postać sierpa i wypełniał prawie całe pole widzenia. O godzinie 08:42 UTC (58 minut do przelotu) rozpoczęło się wykonywanie mozaiki MDIS/NAC o rozdzielczości 450 metrów na piksel. Mozaika została wykonana z odległości 16 000 kilometrów (10 000 mil) i miała format 4 x 11 zdjęć. O godzinie 09:25 UTC (14 minut do przelotu) sonda na 18 minut weszła w cień Merkurego. O 09:26 UTC (14 minut do przelotu) MASCS zakończył skan ogona egzosfery. O godzinie 09:27 UTC (13 minut do przelotu) rozpoczął się obrót sondy w celu zwrócenia pozostałych instrumentów na planetę. O godz 09:36 UTC (4 minuty do przelotu) MLA rozpoczął wykonywanie pomiarów topograficznych. O godzinie 09:40:21 UTC nastąpiło największe zbliżenie do Merkurego (na odległość 200 km). O 09:42 UTC (1 minuta po przelocie) sonda wyszła z zaćmienia. O 09:45 UTC (5 minut po przelocie) MASCS rozpoczął pomiary dziennej strony planety (badania składu powierzchni). O 09:48 UTC (8 minut po przelocie) rozpoczęły się wspólne obserwacje MDIS/WAC, MASCS i MLA. O godzinie 09:50 UTC (10 minut po przelocie) zakończyły się pomiary za pomocą MLA, trwały natomiast obserwacje MDIS/WAC i MASCS. O 09:55 UTC (15 minut po przelocie) MASCS rozpoczął obserwacje niskiej egzosfery po stronie oświetlonej. O godz. 09:56 UTC (16 minut po przelocie) rozpoczęło się wykonywanie pierwszej mozaiki wysokiej rozdzielczości za pomocą MDIS/NAC. Uzyskano ją z odległości 3 600 - 4 500 km. 36 zdjęć miało rozdzielczość 100 - 150 metrów na piksel i było uzyskiwanych w tempie 1 fotografii na 5 sekund. Trwały też pomiary MASCS. O godzinie 09:57 UTC (17 minut po przelocie) MASCS rozpoczął pomiary górnej egzosfery po stronie oświetlonej. O godz. 10:01 UTC (21 minut po przelocie) MDIS/NAC rozpoczął wykonywanie drugiej mozaiki wysokiej rozdzielczości. Uzyskano 162 zdjęcia obejmujące północną półkulę, prawie w całości oświetloną. Wschodnia część mozaiki (2/3 całości) pokryła obszar sfotografowany przez Mainera 10 oraz sporą przerwę w obrazowaniu z Marinera 10. Mozaika miała rozdzielczość 150 - 300 metrów na piksel. O godzinie 10:23 UTC (42 minuty po przelocie) MDIS/WAC wykonał drugą mozaikę barwną. Mozaika miała format 3 x 3 zdjęcia i rozdzielczość 2.2 - 3 kilometrów na piksel. O 10:37 UTC (56 minut po przelocie) MDIS/WAC wykonał zdjęcia kalibracyjne. O 10:46 UTC (1 godzina i 6 minut po przelocie) MDIS/NAC wykonał trzecią mozaikę, globalną. Miała ona format 9 x 11 zdjęć i rozdzielczość 550 metrów na piksel. O 10:59 UTC (1 godzina i 18 minut po przelocie) MDIS/NAC uzyskał czwartą mozaikę, globalną. Miała format 8 x 10 zdjęć i rozdzielczość 620 - 700 metrów na piksel. O godzinie 11:09 UTC (1 godzina i 29 minut po przelocie) MDIS/NAC wykonał pierwsze globalne zdjęcie barwne wraz ze zdjęciem z NAC obejmującym centrum pola widzenia. Rozdzielczość wyniosła 4.9 kilometrów na piksel. Następnie MDIS WAC wykonał drugą serię zdjęć barwnych 2 (godz. 11:40 UTC, 2 godziny po przelocie, rozdzielczość 6.7 km na piksel); serię trzecią (godz. 12:40 UTC, 3 godziny po przelocie, rozdzielczość 10 kilometrów na piksel); oraz czwartą (godz 14:09 UTC, 4 godzony i 28 minut po przelocie, rozdzielczość 15 kilometrów na piksel). O godzinie 14:38 UTC (4 godziny i 48 minut po przelocie) MDIS/NAC rozpoczął wykonywanie serii zdjęć, co zabrało 15 godzin. O godz. 19:10 UTC (9 godzin i 30 minut po przelocie) MDIS/WAC wykonał piątą serię zdjęć barwnych (rozdzielczość 32 kilometry na piksel). 7 października o 05:38 UTC (19 godzin i 58 minut po przelocie) MDIS/NAC zakończył wykonywanie serii zdjęć. O 05:40 UTC (20 godzin po przelocie) MDIS/WAC wykonał szóstą serię zdjęć barwnych (rozdzielczość 67 km na piksel). O godzinie 05:50 UTC (20 godzin i 10 minut po przelocie) soda rozpoczęła obrót w celu nawiązania łączności z Ziemią. O godzinie 06:43 UTC (21 godzin i 3 minuty po przelocie) rozpoczęła się transmisja danych na Ziemię. O godzinie 07:30 UTC (21 godzin i 41 minut) zakończyła się transmisja zdjęć o wysokim priorytecie - główne zdjęć globalnych z MDIS/WAC. O 09:22 UTC (23 godziny i 41 minut po przelocie) zakończyła się transmisja danych wysokiego priorytetu z innych instrumentów do 21 godzin od przelotu. O 13:27 UTC (27 godzin i 46 minut po przelocie) zakończyła się transmisja danych średniej wartości z innych instrumentów uzyskanych do 2 godzin i 20 minut po przelocie. 8 października o godzinie 12:05 UTC (50 godzin i 19 minut po przelocie) rozpoczęto transmisję danych wysokiego priorytetu uzyskanych do 46 godzin i 35 minut po przelocie i zdjęć do 45 minut po przelocie. O godzinie 12:05 UTC (50 godzin i 19 minut po przelocie) zakończyło się ciągłe śledzenie sondy przez DSN. 9 października o 02:05 UTC (64 godziny i 20 minut po przelocie) rozpoczęło się dodatkowe śledzenie sondy za pomocą anten DSN o średnicy 70 metrów w celu zakończenia transmisji danych. O godzinie 07:50 UTC (70 godzin i 5 minut po przelocie) zakończyła się transmisja danych - pozyskano wszystkie dane wysokiej warności uzyskane do 64 godzin i 15 minut po przelocie oraz wszystkie zdjęcia wykonane do 1 godziny i 40 minut po przelocie, w tym wszystkie mozaiki MDIS/NAC i pojedyncze zdjęcie MDIS/WAC uzyskane po największym zbliżeniu.